Au terme d’une année de flottement, y compris de désarroi lorsque le secrétaire général, Romain Lavielle, évoque la mutualité « cambriolée », le mouvement retrouve son pragmatisme traditionnel. Au fur et à mesure que le nouveau régime social se met en place, une stratégie du compromis s’esquisse de part et d’autre. La Sécurité sociale accepte, en guise de bonne volonté, de laisser à la disposition de la Mutualité française l’immeuble fédéral du boulevard Malesherbes, acquis au titre de la gestion des caisses vieillesses des Assurances sociales. Plus significatif, la négociation engagée avec la Fédération nationale des organismes de sécurité sociale (FNOSS) débouche sur la loi Morice du 27 février 1947, posant le principe d’une participation mutualiste au fonctionnement des sections locales de sécurité sociale.

Cependant, l’armistice ne signifiant pas nécessairement la paix, les droits concédés demeurent virtuels pour l’essentiel. Seuls les fonctionnaires et assimilés bénéficient de cette disposition .Quoiqu’il en soit, les données sont sensiblement modifiées, au fil de l’année 1947. La fin du tripartisme au pouvoir, la scission de la CGT, l’autorité patronale restaurée, le réveil de tous les corporatismes, constituent autant de facteurs condamnant à l’échec le projet de régime général unique de sécurité sociale conçu à la Libération. Dans ce contexte, la question posée aux délégués du 19e congrès de la Mutualité française, le premier de l’après-guerre, à Aix-les-Bains, en mai 1948 : « La Mutualité a-t-elle encore un avenir ? » ne pouvait recevoir qu’une réponse positive, mais ambigüe.

L’analyse officielle, qui se félicite à la fois des « horizons quasi illimités » du nouveau statut mutualiste et des opportunités offertes par les carences prévisibles de l’assurance obligatoire, demeure au milieu du gué entre tradition et novation. La modernisation de la Mutualité française ne s’ébauche véritablement qu’à la faveur de l’élection de son nouveau président, à la fin de l’année 1950. Le choix du postier Jack Senet, partisan dès l’origine du concept de sécurité sociale et de sa relation privilégiée avec la mutualité, marque le point de départ d’un rapport normalisé entre les deux institutions. Ce n’est pas la fin des tensions, loin de là, mais la recherche d’une relation moins passionnée, comme le suggère avec humour le secrétaire général Paul Aubry lors du 20e congrès national, en mai 1951 : « Nous avons mieux à faire que de jouer auprès de la Sécurité sociale le rôle d’un soupirant éconduit et quelque peu ridicule ».