L’indépendance, à la différence des autres valeurs du patrimoine éthique, est à double portée : interne et externe.

Sur le plan interne, il s’agit de reconnaître l’indépendance pleine et entière de chaque groupement. Le principe, au cœur de l’acte constitutif de la FNMF en 1902, stipule que la société entrant dans un groupe de degré supérieur ne compromet nullement son autonomie, puisqu’elle n’y entre que pour des fonctions qu’elle n’eût pas remplies elle-même. Seul le respect scrupuleux de la diversité rend possible la réalisation de l’unité effective du mouvement. La recherche permanente d’un point d’équilibre, entre autonomie des groupements et cohérence dynamique de l’ensemble, s’impose comme une règle impérative de vie commune pour tous les mutualistes.

Au plan externe, le principe d’indépendance traduit la volonté du mouvement de conserver son libre arbitre face à tous les acteurs politiques, économiques ou sociaux de son environnement. La pérennisation de la pratique mutualiste en France doit beaucoup à cette lutte persévérante en faveur de son indépendance. Les liens organiques entretenus par les mutualités nationales avec les institutions confessionnelles ou syndicales, dans la plupart des autres pays, ont favorisé leur absorption par les régimes d’obligation ou précipité leur dissolution dans le cas des régimes d’assurance universelle.

Dans le passé, l’expression de cette indépendance n’a pas toujours été sans ambiguïté, en raison d’une confusion trop longtemps entretenue avec l’idée de neutralité. Le 25e congrès de la Mutualité française lève toute équivoque, en 1967, par l’affirmation d’une conception dynamique et vigilante de l’indépendance. L’expérience ne cesse de montrer combien les rapports de force influent sur les arbitrages assurant l’équilibre social. En s’affirmant comme une institution souveraine, la Mutualité a su imposer, à chaque étape de la rénovation de son cadre juridique, les garanties d’une véritable indépendance.