Jusqu'à la Première Guerre mondiale, le fonctionnement d'une société de secours mutuels reposait sur une démocratie à la fois élective, délibérative, et participative. Elective parce que les administrateurs étaient élus par l'assemblée générale des sociétaires, sur le mode "un homme = une voix". Délibérative parce que les décisions prises au sein du conseil d'administration devaient être ratifiées en assemblée générale. Participative parce que l'assemblée générale elle-même pouvait être force de propositions. La relation de proximité qui s'établissait automatiquement dans des organisations très modestes permettait ce type d'organisation.

Toutefois, les précautions réglementaires mises en place par le décret de 1852 ont quelque peu bridé l'expression d'une démocratie complète, jusqu'à l'instauration de la République. En premier lieu, il convient de rappeler que les présidents des sociétés de secours mutuels approuvées ont été nommés par l'Empereur jusqu'en 1870. Ensuite, le terme "sociétaire" englobait aussi bien les membres participants que les membres honoraires, qui avaient la possibilité de participer à l'assemblée générale comme au conseil d'administration ; le système de l'honorariat induisait de ce fait un dévoiement du principe selon lequel en mutualité assureur et assuré se confondent. A partir des années 1880, l'influence des notables dans la gestion des sociétés de secours mutuels a reculé au profit d'une implication accrue des membres participants stricto sensu, ceux-ci devenant de plus en plus compétents grâce aux progrès de l'instruction et mieux informés par le biais de la presse mutualiste en plein essor.
Une plus grande révolution dans le gouvernement des mutuelles a été l'irruption de responsables administratifs salariés aux côtés des administrateurs bénévoles. Cette mutation a débuté timidement dans les unions au cours des années 1930, et s'est intensifiée après la guerre, avec l'augmentation des effectifs.