La question de l'exclusion rebondit étrangement pendant la Seconde guerre mondiale à la faveur de mesures annoncées par le gouvernement de Vichy. Quelles que soient leurs arrière pensées les auteurs prétendent garantir aux agents "une protection au moins égale à celle dont jouissent les assurés sociaux" . La promesse demeure lettre morte, ainsi que d'autres dispositions visant à la prise en charge de la moitié de la cotisation mutualiste et à l'établissement du précompte. L'incitation à la formation d'une mutuelle unique par administration s’affirmera, en revanche, bénéfique pour le potentiel futur de ces mutuelles. Le ministère du Travail va jusqu'à imposer par circulaire le regroupement de 80% de ses 11 000 agents dans une seule SSM, pour donner l'exemple.
L'impulsion de l'État français s'inscrit, de fait, dans un mouvement unificateur amorcé au lendemain de la Première Guerre. Les mutuelles de fonctionnaires se trouvent désormais, au plan juridique, structurel et de l'autorité morale, dans une position favorable pour prétendre à des responsabilités importantes, au lendemain de la guerre.
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