La MGEN a obtenu de gérer la Sécurité sociale des enseignants six mois seulement après sa création mais elle reste entièrement à construire. Une première étape est atteinte en 1948 où le regroupement de ses forces est pratiquement achevé ; toutefois, si l’unification est réussie, il faudra près d’une décennie pour qu’elle s’ancre véritablement dans la vie quotidienne de la MGEN. La mutuelle développe ses structures, les diversifie et les unifie ; elle se lance, d’abord de façon un peu empirique, dans une grande politique de construction ou d’achat de bâtiments. Puis, à partir du début des années 1960, l’orientation générale de la MGEN s’organise de façon plus rationnelle sur la base de plans d'actions. Aujourd’hui, la MGEN se trouve à la tête de 33 établissements qui ont accueilli 1,5 millions de journées et de passages dans les domaines les plus multiples : établissement de santé, rééducation, psychiatrie, gériatrie, examens et diagnostics, etc.

Conséquence de la croissance très rapide du milieu enseignant à partir de la décennie 1960, le nombre des adhérents de la MGEN augmente également de façon considérable. Alors qu’elle avait débuté avec 170 000 adhérents, en 2005, elle a assuré la couverture de 3 258 000 personnes et géré l’assurance maladie obligatoire de 2 713 000 personnes ; elle a alors employé 9 000 salariés et mobilisé un réseau de près de 20 000 militants. Aujourd’hui l’action sanitaire et sociale de la MGEN s’est très largement diversifiée, à l’image de ce que fait l’ensemble du mouvement mutualiste.
La MGEN a participé activement à la lutte contre la tuberculose puis a investi d’autres terrains, souvent de façon pionnière tels que la lutte contre la maladie mentale à travers son établissement modèle de la Verrière, les handicapés, etc. Ces résultats s’organisent durant six décennies au cours desquelles se sont succédés cinq présidents à la tête de la mutuelle.

La MGEN est confrontée aujourd’hui à plusieurs questions ; certaines concernent l’ensemble du mouvement mutualiste. Dans quelle mesure, la MGEN pourra-t-elle faire face aux difficultés financières croissantes affrontées par la Sécurité sociale depuis la fin de la décennie 1970 ? La concurrence accrue des compagnies d’assurance pose également un redoutable défi à la mutuelle. Enfin, depuis le début des années 1990, la question de l’Europe est également débattue par la MGEN, comme par l’ensemble du mouvement mutualiste et d’abord la FNMF, sa principale composante. Avec cette dernière, la MGEN se bat pour que la spécificité mutualiste soit reconnue par les instances européennes : si des progrès ont été faits en cette direction, ce combat reste à mener aujourd’hui et la lutte pour la reconnaissance d’une Directive européenne spécifique à la mutualité se poursuit. D’autres questions posées à la MGEN sont davantage liées aux particularités de son histoire et de son identité. Parmi elles, sa proximité avec le syndicalisme enseignant : la recomposition du syndicalisme enseignant survenue ces dernières années est, pour l’instant, resté sans incidences sur la MGEN mais il y a cependant là une situation nouvelle pour elle. Sur un autre plan, le recul de la notion de service public et la montée de l’individualisme à laquelle on assiste aujourd’hui peuvent également s’avérer problématiques pour la MGEN.